Hantiert mann mit VMs auf USB-Medien, wird man öfter mit dieser Frage konfrontiert, welche in dem Moment logisch nicht korrekt ist:

Um diese zu unterbinden, reicht folgender Eintrag in der VMX-Datei:
uuid.action = "keep"

Macht man dann tatsächlich mal eine Kopie der VM welche eigenständig laufen soll, muss man aber daran denken, dass diese Einstellung gesetzt ist.

Mehr Infos:
VMware KB 1541